La Lotus Elan Series 2 sort en novembre 1964. Elle incluait des meilleurs freins à disque de marque Girling et des changement concernant la carrosserie. C'est aussi la voiture qui a ramené Lotus à une production de grande échelle et ils ont donc commencé à offrir plus d'options.

Cette version est également la première à obtenir un ensemble de Service Equipments (ou SE). Ces équipements comprennent des ceintures de sécurité et de la moquette luxueuse.

La S2 a un nouveau tableau de bord en bois avec une boite à gants qui peut se verrouiller. La S2 a du changer sa base car Ford a arrêté la production de la Ford Cortina 116E. Cette nouvelle base était pratiquement identique sauf au niveau de la culasse qui a été légèrement modifiée.